El 8 de enero de 1964 en el Campamento Los Cerros, provincia de Manabí, los principales pastores y líderes evangélicos del Ecuador en representación de misiones, denominaciones, iglesias independientes y organizaciones evangélicas, se reunieron para fundar la Confraternidad Evangélica Ecuatoriana (C.E.E.), que entre otros propósitos buscaba fortalecer la unidad de los evangélicos en el país, defender la libertad de cultos consagrada en la Constitución de la República, la Declaración Universal de los Derechos Humanos y realizar esfuerzos mancomunados para proclamar el Evangelio de Cristo en el país.
La CONFRATERNIDAD EVANGELICA ECUATORIANA, se encuentra legalmente constituida con personería jurídica de derecho privado, representa oficialmente a la Iglesia Evangélica Ecuatoriana ante el Gobierno Nacional y demás funciones del Estado, se rige por la Constitución de la República, Ley de Cultos, las Sagradas Escrituras, su Estatuto y demás leyes de la República del Ecuador.
A lo largo de los años, la C.E.E. en múltiples ocasiones se ha pronunciado públicamente defendiendo el derecho a la libertad de cultos frente a los ataques y persecuciones que creyentes evangélicos han sufrido en varias comunidades.
En momentos críticos como: terremotos, inundaciones, guerras con Perú, erupciones volcánicas, pandemia por el Covid-19, etc., la C.E.E. ha entregado ayuda a los damnificados de estas catástrofes.
En los últimos años ha organizado la Red Cristiana de Transformación Integral y Desarrollo Sostenible y el Comité Cristiano de Emergencia. En la 58° Asamblea del 24 de marzo de 2023, se reeligió a toda la Junta Administrativa de la Confraternidad Evangélica Ecuatoriana.